מחלה כרונית זוהי מחלה שכרגע המדע אינו יודע לרפא אך בעזרת טיפולים תרופתיים ניתן לשלוט בתסמינים ולאפשר חיים נורמליים. ישנן דוגמאות רבות למחלות כאלו: סכרת, אסטמה, אלרגיות, מחלות דיכאוניות שונות ועוד. התרופות אינן מרפאות, הן רק מקלות על הסימפטומים של המחלה. אם אדם סובל מאלרגיה, "התרופה" שהוא ייקח תקל על הדמע, נזילת האף, קוצר הנשימה, פריחה או כל סימפטום שניתן לחוות מאלרגיה. אך אם האדם ייחשף שוב לגורם האלרגי הוא יחווה את הסימפטומים מחדש.
מחלה אוטואימונית היא מחלה שבה הגוף מזהה את התאים שלו כתאי אוייב ותוקף אותם באמצעות תאי חיסון. הביטוי האופייני לסוג זה של מחלות הוא הרס של רקמות ומוות של תאים בגוף. כיום אין לעולם המדע מושג מה הם הגורמים לכך שתאי החיסון "משתגעים" פתאום ומתייחסים לחלקים בגוף שלנו כאל פולש זר מסוכן שיש להלחם בו. כאשר אנחנו נולדים, מערכת החיסון לומדת לזהות מה בונה את הגוף שלנו ומה תוקף אותו ומאיים עליו. מה זה "עצמי" ומהו גוף זר. בקבוצת המחלות האוטואימוניות, הגוף טועה בין העצמי לזר ומתחיל, מסיבה שאינה ברורה לתקוף משהו מאוד ספיציפי ב-"עצמי".
בסכרת, לדוגמא, מזהה הגוף את תאי הבטא שבלבלב כאוייב ומתחיל לחסל אותם. אלו התאים שאחראים על ייצור חלבון בשם אינסולין שתפקידו לאפשר כניסה של סוכר אל התאים. בהיעדר אינסולין בדם, מצטבר הסוכר מחוץ לתא. התוצאה היא חוסר יכולת לייצר אנרגייה מהסוכר, הבאה לידי ביטוי בירידה במשקל, בהצטברות של סוכר בדם, וללא טיפול, אפילו במוות. לא ברור מה גורם לגוף לפתע לתקוף את תאי הבטא. יש שני סוגים של סכרת: נעורים ומבוגרים. חשוב להדגיש כי רק סכרת הנעורים היא מחלה אוטואימונית. סכרת מבוגרים היא מחלה שבה התאים אינם מגיבים בצורה יעילה להורמון האינסולין. כלומר האינסולין מופרש מהלבלב אך אינו נקלט בתאים בצורה יעילה. בסכרת מבוגרים החיישנים המצויים על התאים פחות רגישים ונוצר מצב שנקרא תנגודת אינסולין. אחד הגורמים לתופעה זו הוא השמנה. לגוף יש מספיק אנרגיה משומן והתאים שבעים לכן הם מקטינים את כמות החיישנים שמכניסים סוכר לתאים. דבר זה גורם להצטברות של סוכר בדם. הצטברות זו מביאה לתוצאות רבות כמו צמא ועייפות דרך ריפוי איטי של פצעים ועד כניסה לתרדמת. רוב החולים בסכרת חולים בסוג השני של המחלה (95%).
סביר להניח שמחלות אלו היו קיימות מאז ומתמיד, אבל במאה העשרים הן החלו להתפשט ולהפוך למגפות בשל, כנראה, אורח החיים המודרני. ישנו, כנראה, קשר ישיר בין השמנה, שהיא אחד מתוצרי אורח החיים המודרני, לבין התפתחות סכרת מבוגרים כמו גם מגוון מחלות נוספות כגון: מחלות לב, הסתיידות עורקים וגם סרטן מסוג סרטן השד, וסרטן המעי הגס.
מחלת הקרוהן היא מחלה של מערכת העיכול היכולה לפגוע לכל אורכו של תהליך העיכול.
מערכת החיסון בעצם גורמת לדלקות כרוניות במערכת העיכול. המחלה מתגלה לרוב אצל אנשים בגילאים 20 -30. מאפייני המחלה הם כאבי בטן חזקים ושילשול.
כיום עדיין לא ידוע מהם הגורמים למחלה אך נמצאו עדויות לקשר בין גורמים סביבתיים כגון עישון בשילוב עם מאפיינים גנטיים לבין המחלה. מעניין לציין שישנה תאוריה הגורסת כי גורם אפשרי למחלה הוא חוסר יכולת של מערכת החיסון להתמודד עם שינויים בהתפלגות סוגי החיידקים הקיימים במערכת העיכול שלנו. אין נתונים מדויקים עד כמה המחלה נפוצה. בארצות הברית, למשל ניתן למצוא נתונים ש-6 מכל מאה אלף איש חולים במחלה. ובמקורות אחרים מדווח על 200 איש לכל מאה אלף. המחלה נפוצה יותר באירופה ואמריקה ופחות באפריקה ואסיה כנראה בשל ההבדל בתוחלת החיים. פחות מאחוז מהאוכלוסייה חולה במחלה.
