חיידקים פתוגניים הם חיידקים שעלולים לגרום למחלה. למרות שרוב החיידקים אינם מזיקים, או אפילו מועילים לגוף, חלקם הקטן פתוגני. מספר המינים הפתוגניים, הגורמים למחלות זיהומיות,