תופעת הלבנת האלמוגים (Bleaching), מתרחש היום כמעט בכל שוניות האלמוגים בעולם (ראה מפה של NOAA). ההלבנה, מחלה המעידה על פגיעה באצות המקיימות מערכת יחסים סימביוטית עם האלמוג ומייצרות עבורו את רוב מזונו, עלולה לגרום למות האלמוג ולדעיכת השונית. אצות אלה, המכונות זואוקסנטלות חיות בתוך האלמוג ותורמות לבניית השונית. האצות הן אלה המעניקות לאלמוג את צבעו. ללא האצות, האלמוג יכול עדיין להתקיים, שכן הוא חמוש בזרועות צייד. אך זה אינו מספיק עבורו והוא נמצא במצב קבוע של רעב, עד שהוא מת.
אלמוגים הם בעלי חיים הזקוקים לטמפרטורת מים קבועה ולאור השמש. הם הבסיס לרוב מערכות החיים בים וסביבם מתפתחת סביבה אקולוגית ענפה. מותם מעיד על דעיכתם של האוקיינוסים כמערכת אקולוגית. הלבנת האלמוגים קשורה בהתחממות מי האוקיינוסים, עלייה בחמיצות בהרכב המים ואולי אף בעליית מפלס המים ובעכירות הגורמת לירידה בכמות אור השמש במים.
בעונת החורף, כאשר טמפרטורת המים מתקררת במעט, האצה יכולה לחדש את הסימביוזה עם האלמוג ולאפשר לו לחיות. אך כמה שנים רצופות של הלבנה עלולות להביא למותו של האלמוג. החשש הוא שעם התחממות האוקיינוסים, תצטמצם מאוד השפעת האצה והשונית כולה תדעך.
שוניות האלמוגים תופסות כ-3% משטח האוקיינוסים ומאחסנות רבע מכלל מיני האורגניזמים החיים בים. כ-10% מכלל שוניות האלמוגים מתות, כ-60% נוספים נמצאים בסכנה מיידית.
